Докато се възстановява след трагичен инцидент на пътя, патрулният полицай Едуард Малус получава писмо от бившата си годеница Уилоу, която го е изоставила преди години без никакво обяснение. В него се казва, че дъщеря й Роуан е изчезнала. Едуард се среща ...

Агент Смит успява да избяга от Матрицата и отново събира сили да елиминира Нео. И не само него. Самите машини са застрашени от растящата му мощ. Морфеус решава да се върне в човешкия град, но освободеният Нео и Тринити ...